Στον αύλειο χώρο της Ακαδημίας λειτουργεί σε καθημερινή βάση ο ιδρυματικός ναός της Αγίας Σκέπης.

Στο ναό της Αγίας Σκέπης τελούνται οι ακολουθίες του όλου ενιαυτού. Επιπροσθέτως πραγματοποιούνται βάσει προγράμματος, διάφορες πρακτικές ασκήσεις στους τομείς της Μουσικής, της Ομιλητικής, της Λειτουργικής και της Τελετουργικής.

Στο ισόγειο λειτουργεί επί αρκετά έτη το παρεκκλήσιο των «Κρητών Αγίων», το οποίο καλύπτει διάφορες εκπαιδευτικές ανάγκες των δύο Προγραμμάτων Σπουδών της Ακαδημίας.

Στο πλαίσιο του προγράμματος σπουδών λειτουργούν δύο σύγχρονα εργαστήρια Η/Υ με σύνδεση στο Internet για παροχή κάθε πληροφορίας και γνώσεως προς τους φοιτητές. Παράλληλα σε ώρες εκτός μαθημάτων, λειτουργούν προγράμματα για την επιμόρφωση διαφόρων κοινωνικών ομάδων, όπως δασκάλων, καθηγητών και ενηλίκων. Ήδη μέχρι σήμερα έχουν επιμορφωθεί 96 εκπαιδευτικοί, 51 ενήλικες και δύο ομάδες κληρικών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης.