Στην Ακαδημία υπάρχει δανειστική βιβλιοθήκη, η οποία δημιουργήθηκε από το έτος 1992 με την ίδρυση της ΑΕΣ Κρήτης. Σήμερα λειτουργεί σε καθημερινή βάση και είναι εμπλουτισμένη με δέκα χιλιάδες και πλέον τόμους και ψηφιακούς δίσκους προς κατάρτιση των φοιτητών - φοιτητριών. Παρέχει βιβλιογραφική ενημέρωση και κάθε πληροφορία για τη σύνταξη των πτυχιακών τους εργασιών. Οι τόμοι αυτοί είναι ταξινομημένοι κατά κατηγορίες και καλύπτουν όχι μόνο το επιστημονικό πεδίο της Θεολογίας και της Μουσικής, αλλά και ένα ευρύ χώρο άλλων συγγενών επιστημών.

Στο ισόγειο λειτουργεί επί αρκετά έτη το παρεκκλήσιο των «Κρητών Αγίων», το οποίο καλύπτει διάφορες εκπαιδευτικές ανάγκες των δύο Προγραμμάτων Σπουδών της Ακαδημίας.

Στο πλαίσιο του προγράμματος σπουδών λειτουργούν δύο σύγχρονα εργαστήρια Η/Υ με σύνδεση στο Internet για παροχή κάθε πληροφορίας και γνώσεως προς τους φοιτητές. Παράλληλα σε ώρες εκτός μαθημάτων, λειτουργούν προγράμματα για την επιμόρφωση διαφόρων κοινωνικών ομάδων, όπως δασκάλων, καθηγητών και ενηλίκων. Ήδη μέχρι σήμερα έχουν επιμορφωθεί 96 εκπαιδευτικοί, 51 ενήλικες και δύο ομάδες κληρικών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης.