H Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Ηρακλείου Κρήτης διαθέτει φοιτητική Εστία, στην οποία μπορούν να διαμένουν δωρεάν όσοι από τους επιτυχόντες σπουδαστές του Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών το επιθυμούν. Η Εστία τελεί υπό την ευθύνη του Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ.κ. Ειρηναίου, ευρίσκεται δίπλα στην Ακαδημία και διαθέτει άνετο χώρο στάθμευσης.

Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2011-12 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανακαινίσεως και πραγματοποιήθηκε η προμήθεια του απαραίτητου εξοπλισμού στην αίθουσα εκδηλώσεων της Ακαδημίας. Στον προαναφερθέντα χώρο διοργανώνονται συμπόσια, ημερίδες, συνέδρια και πραγματοποιείται η απονομή των πτυχίων των φοιτώντων και στα τρία Προγράμματα Σπουδών.

Σε κατάλληλο διαμορφωμένο χώρο λειτουργεί σύγχρονο Εργαστήριο Μουσικής, το οποίο αποτελείται από στούντιο ηχογραφήσεων, έκθεση παραδοσιακών μουσικών οργάνων, βιβλιοθήκη με βιβλία εκκλησιαστικής μουσικής σε βυζαντινή σημειογραφία, βιβλία παραδοσιακής μουσικής σε βυζαντινή και ευρωπαϊκή σημειογραφία. Το εργαστήριο διαθέτει φωνητικό αρχείο και αίθουσα Η/Υ.

Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να παρακολουθούν ακούσματα από τις μέχρι σήμερα ηχογραφήσεις. Οι φοιτητές και φοιτήτριες έχουν τη δυνατότητα να αποκτήσουν μια άρτια μουσική παιδεία τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο.

Ο νόμος 3432/2006 άρθρο 26, προβλέπει ότι η σίτιση των φοιτητών εξασφαλίζεται με τη λειτουργία Περιφερειακής Φοιτητικής Εστίας. Στην άνετη τραπεζαρία της Ακαδημίας προσφέρεται καθημερινά σίτιση σε όσους φοιτητές της ΠΑΕΑΚ δικαιούνται.

Στην Ακαδημία υπάρχει δανειστική βιβλιοθήκη, η οποία δημιουργήθηκε από το έτος 1992 με την ίδρυση της ΑΕΣ Κρήτης. Σήμερα λειτουργεί σε καθημερινή βάση και είναι εμπλουτισμένη με δέκα χιλιάδες και πλέον τόμους και ψηφιακούς δίσκους προς κατάρτιση των φοιτητών - φοιτητριών. Παρέχει βιβλιογραφική ενημέρωση και κάθε πληροφορία για τη σύνταξη των πτυχιακών τους εργασιών. Οι τόμοι αυτοί είναι ταξινομημένοι κατά κατηγορίες και καλύπτουν όχι μόνο το επιστημονικό πεδίο της Θεολογίας και της Μουσικής, αλλά και ένα ευρύ χώρο άλλων συγγενών επιστημών.