H διοίκηση της Ακαδημίας ασκείται από 11.01.2021 από το Ακαδημαϊκό Συμβούλιο, στο οποίο μετέχουν ο Πρόεδρος και τα παρακάτω μέλη Διδακτικού Προσωπικού:

ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ ΤΗΣ ΠΑΤΡΙΑΡΧΙΚΗΣ ΑΝΩΤΑΤΗΣ ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΗΣ ΑΚΑΔΗΜΙΑΣ ΚΡΗΤΗΣ

  1. κ. Απόστολος Μπουρνέλης, Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 821/13-8-2012, τ. Γ΄), Πρόεδρος Α.Σ. ΦΕΚ 1076/28-12-2020
  2. π. Αυγουστίνος Μπαϊραχτάρης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1255/7-8-2020, τ. Γ΄ και 1349/4-9-2020, τ. Γ΄), Μέλος
  3. κ. Εμμανουήλ Δουνδουλάκης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1255/7-8-2020, τ. Γ΄ και 1349/4-9-2020, τ. Γ΄), Μέλος
  4. κ. Χριστόφορος Αρβανίτης, Επίκουρος Καθηγητής – μόνιμος (ΦΕΚ μονιμοποίησης 381/27-4-2017, τ. Γ΄), Μέλος
  5. κ. Μιχαήλ Στρουμπάκης, Επίκουρος Καθηγητής – μόνιμος (ΦΕΚ μονιμοποίησης 381/27-4-2017, τ. Γ΄), Μέλος
  6. κ. Ιωάννης Λίλης, Επίκουρος Καθηγητής – με θητεία (ΦΕΚ διορισμού 917/31-5-2019, τ. Γ΄), Μέλος
  7. κ. Ροδάνθη Ανδρουλιδάκη, Επίκουρος Καθηγήτρια – με θητεία (ΦΕΚ διορισμού 917/31-5-2019, τ. Γ΄), Μέλος