H διοίκηση της Ακαδημίας ασκείται από επταμελή Διοικούσα Επιτροπή με Πρόεδρο τον Σεβασμιώτατον Μητροπολίτην Αρκαλοχωρίου κ. Ανδρέα Νανάκη, καθηγητή της Θεολογικής Σχολής του ΑΠΘ, μέχρι το διορισμό μονίμων καθηγητών, μελών Διδακτικού Προσωπικού στην Ακαδημία και την ανάδειξη του Ακαδημαϊκού Συμβουλίου, όπως προβλέπει ο Νόμος.

ΔΙΟΙΚΟΥΣΑ ΕΠΙΤΡΟΠΗ ΤΗΣ ΠΑΤΡΙΑΡΧΙΚΗΣ ΑΝΩΤΑΤΗΣ ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΗΣ ΑΚΑΔΗΜΙΑΣ ΚΡΗΤΗΣ

ΦΕΚ. 126/26-3-2013

1. Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου κ. Ανδρέας ως Πρόεδρος

2. Μπουρνέλης Απόστολος, Καθηγητής Πατριαρχικής Ανωτάτης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Κρήτης, Αντιπρόεδρος

3. Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Γορτύνης και Αρκαδίας κ. Μακάριος

4. Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Κισσάμου και Σελίνου κ. Αμφιλόχιος

5. Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Κυδωνίας και Αποκορώνου κ. Δαμασκηνός

6. Παπαδογιαννάκης Νικόλαος, Ομότιμος Καθηγητής του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης.

7. Μαρνέλλος Γεώργιος, τ. Αναπληρωτής Καθηγητής Πατριαρχικής Ανωτάτης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Κρήτης.

Ροδάνθη Ανδρουλιδάκη, Γραμματέας Δρ. Επιστημών Αγωγής, Καθηγήτρια του 1ου ΕΠΑΛ Ηρακλείου Κρήτης, αποσπασμένη στην Πατριαρχική Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης.